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サイエンス・デザイナーDr.KINOKOYAのAcademic Tips

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Academic writing | 久しぶりの論文

 諸事情で久しぶりに投稿論文を書きました。学会発表の要旨は毎年書いていますが、やはり投稿論文は別物ですね。しかも、今回は英文。こんなに長文の英語を書いたのは、学位論文の英文サマリー以来ですわ。
 英語は嫌いではありませんが、上手いわけでもなく、未だ大学受験レベルであります。ですので、英単語の検索から始める訳で、しかも、今回のテーマは、いままで主としてやってきた薬理関係ではないので、新しい単語がどっさり。ほぼ、全部の単語を調べるという気の遠くなる作業でした。
 それでも、ネットのありがたさというか、辞書を使わなくても、ネットで調べられるのは便利ですね。
 私が使っているネット辞書は、Weblio。ただ、英文の翻訳は使えません。どう見ても間違った構文の英文が吐き出されるので、見るだけ無駄です。むしろ、自分のつたない中学生英語でシンプルな英文を書いた方がナンボかマシです。
 もちろん、中学英語だけではナンなので、ターゲットとする術語の英訳が分かった段階で、GoogleScholarあたりで論文を漁り、目的とする表現を真似させてもらいます。さすがに、数行の文章をコピペすることはしませんが。
 今回は、今週末がぎりぎりのデッドラインだったので、結局、自分の中にある英語表現だけで切り抜けるということになりましたが、1年ぐらい時間をかけていいのなら、ひとつひとつのセンテンスをしっかりとした英語表現にしたいものです。
 ともかく、なんとか英文校正サービス会社に校正を依頼して、とりあえずは脱稿です。
 さて、どのくらい赤ペンが入っているでしょう。
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| Academic writing | 01:49 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | 日本きのこ学会誌引用スタイル登録

ことあるごとにオススメしている文献管理ソフトのMendeley。
めっちゃ強力なツールなのですが、残念ながら、日本語の雑誌の引用文献スタイルが弱いです。
私が加盟する日本きのこ学会誌の引用スタイルも登録されていません。

と、いうことで・・・

突貫で作ってみました。β版ですので、ちゃんと確認していませんが、大体は合っています。

http://csl.mendeley.com/styles/1142391/mushroomscibiotechnol
こちらのURL IDをMendeleyのCitationStyleに入れてみてください。

View-Citation Style-More Styles...-Get More Styles
の下の方にあるボックスに、上のURLをコピー&ペーストしてDLしてみてください。

お役にたてることを願っています。

| Article reserch | 23:56 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Science Design | FBの埋め込み投稿を試す

研究室のFBページを作り、コンテンツとして学会発表のビデオをアップロードした。
で、設定を見ていたら「埋め込み投稿」というのがあった。
どうも、別のブログに埋め込むタグを吐き出すものらしいので、試しにやってみます。



| Science Design | 17:17 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Science Design | FBネット配信用_ ビデオ書出し設定

本年度より、研究室のフェイスブックページ(FBP)を作成したのだが、何をコンテンツの柱とすべきかが未だ判然としない。で、とりあえず、この前の学会でうちの学生たちの雄姿を撮影したビデオがあるので、これにタイトルなどの簡単な編集を施して、アップロードすることにした。
これをOBやOGが見て、学生時代を懐かしく思って足を運んでくれたり、共同研究などにつながればありがたい。

さて、編集であるが、5本もあるので、統一感を出しつつ、作業をルーチン化するために、まずは、Illustratorでビデオキャプションの枠づくり。これは以前ここに書いたと思うが、

ファイル―新規で、新規ドキュメント設定画面を出し、以下の設定をする。

サイズ:HDV 1080

を選ぶだけ。 
DVC PRO HDV 1080 を選んでも中身は同じの模様。グリーンのルーラーと、ビデオのセーフエリアが表示されるので、作業がやりやすいです。
ビデオテロップ


 で、このドキュメントサイズの塗り、線なしの透明の枠を作って、その中に入れたいテキストや画像を描画するだけ。今回は、シンプルに農大グリーンの細い線と、大会名の白い文字(ドロップシャドウ)のみ。
 個別の講演タイトルは、イラレで作るのは面倒なので、Premiereのタイトル上で作成することに。

 さて、編集後のビデオ書出し設定ですが、

 オリジナルの画像は、いつも持ち歩いているPanasonic GF-5の動画なので、

1920 x 1080サイズのH.264だったと思うので、極力これを返還しなくていいように、

形式:H.264
プリセット:HD 1080p 29.97

他にも、1080p 29.97はいくつかあるのですが、どれが良いのかはよくわかりません。

出力名:<日付>_<学会名>_<地域>_<発表者>

基本ビデオ設定は

ターゲットビットレート:6←デフォルトは32
最大ビットレート:10←デフォルトは40

これで、約15分のビデオは、500MBに収まるサイズになりそうです。
ターゲットビットレートを、4にすると、300MB程度になるようです。

他は触りません。
ビットレートエンコーディングは、VRR、1パスのまま。学会発表は、動きが少ないので、基本固定ビットレート(CBR)でもよさそうですが、エンコード時間はそんなにかわらなさそうなので、何も考えないでいいデフォルトに。

ビデオ書出し設定




| Science Design | 14:46 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Mendeley Web同期の落とし穴

現在、仕事で膨大な量の書誌データを処理しています。複数のDB(データベース)から抽出された書誌データは、9604!
当然、DB間の重複があるわけで、これを削除しなければなりません。
で、Mendeleyには、重複書誌データを検出してくれる機能があり、重複率を算出してくれてわかりやすくデータの統合ができるようになっています。ただ、中には、同じタイトルながら、複数の雑誌や報告書に掲載されている例もあって、これらを誤って重複文献として抽出してきます。なので、結局は目視で統合作業をしなければなりません。

で、しこしこと、数日はかかったでしょうか、9604文献の中で重複6694文献を統合し4854文献で統合を終えました。約半数が重複文献だったということになります。

で、これらのデータは、項目毎にフォルダで管理されているのですが、ここからさらに不要な文献を区別していく作業をしかかっているところでした。
で、明日から東京出張なもんで、出先のノートPCで作業できるように、WEB連携でデータを統合しておこうと考えたわけです。というわけで、現場で使うノートPCのMendeley Desktopを立ち上げWEBからデータを貰ってきます。ところが、文献データは落ちてきたものの、肝心のフォルダ構造が落ちてきません。前回までノートPCで作業していたデータとのコンフリクトが起こったのかと思い、一旦、ノートPCのデータを真っ新に、つまり、データの削除をおこないました。


OH MY GOD !


勘のイイ人はもうお気づきでしょう。WEB連携をしているわけだから、当然ノートPCでおこなった削除作業は、ほどなくしてWEBのMendeleyにも反映され、当然の事ながら、自宅のデスクトップPCのMendeley desktopにも反映されます。

よくよく考えれば、スグわかるこのことに、疲れていると気づかないんだよなぁ。


ええ、しこしこと数日かかって作業したデータは、跡形もなく消えました(涙)。
ま、データベースにかかわっていると、こういうことは覚悟の上です。

そもそも、Bugなのか何なのか、デスクトップPCでおこなったフォルダ分けが、WEBに反映されていなかったことが原因のようです。ノートPCでWEB連携をする前に、デスクトップとWEBの連携が取れているかを確認する必要がありました。
マニュアルによると、作業終了後は自動的に連携が取られずに、次の立ち上げ時に連携が行われるので、「作業終了後は、必ずSyncボタンを押すこと」と書かれています。この作業を怠ったのが原因でしょうか?
ただ、1万近いデータを入れた段階で、データクラッシュの警告がたびたびでていたので、そちらのせいでフォルダが作成されなかった公算が高いですね。
こればっかりは、原因がわかりません。

いずれにせよ、もう一度最初から作業になりました。あーあ。
みなさまもくれぐれもご注意を。

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Science Design | コツコツとチャレンジする/2014年年賀状

わずかながらワタクシの年賀状を楽しみに(?)してくれている方がいて、その方々の期待に応えるという意味もあって、毎年あたらしい試みを取り入れることにしている我が家の年賀状。
昨年は、アメコミ風レイアウトとにチャレンジして、その後、学会発表ポスターにも応用しました。
で、今年は、万策尽きたというわけではありませんが、ちょうど七五三の写真が良かったので、オーソドックスに写真1枚で勝負することになりました。てか、写真1枚ですので、勝負もへったくれもないわけですが。

こちらです。
20140101_NewYearCard_private_800.jpg


で、そのアイデアに固まった時点で、実は、ネット連携というか、これまで撮りためてきた写真やビデオを編集してYouTubeで連携させようと考えていました。この考えの原点は、昨年の1月に電子書籍で出版した学会ポスターデザイン本にあります。この本で、ハイパーリンクによるチュートリアルビデオの連携というのをやってみましたが、これを年賀状に援用したわけです。

ただ、電子書籍との違いは、ハイパーリンクができないという部分で、ここはマニュアルで対処しなければならない。つまり、読んでいただく方にURLを入力してもらわなければならない。そこでQRコードの使用です。QRコード自体の作成は、ネットで無料でできるので、これはいとも簡単。ただ、QRコードが利用できない方には直接URLを入力してもらわなければならないので、短縮URLも利用しました。今回、いくつか無料の短縮URLサービスを比較しましたが、微妙に長さが違うので、一番入力文字数が少ないものを選びました。

で、今回は年賀状のデザインそのものよりも、ビデオ編集の技術強化に取り組みました。
今回、新たに習得したスキルは以下のようなものです。

1. 動画のスロー再生
2. テロップデザインの使用
  今まで、白い文字を入れる程度のことはしていましたが、今回、テレビで一般的に使用されている、画面の端にある文字やデザインをちょっとだけ入れてみました。制作はIllustratorでフルHD画面サイズ(1920x1080)で作成。画面サイズの透明オブジェクト(塗りも線もないただの透明の四角)を配置すると、Premiereに取り込んだ時に、意図した画面サイズにフィットさせるのがコツです。さすがに動くものにするのは障壁が高いのでスチルですが、たったこれだけでも画面にしまりがでます。透明効果やドロップシャドウも使えますので、作り込めばかなりのクオリティのものもできるはずです。

2014NewYearVideo_4000196429.jpg

3. 静止画の位置移動
  これまで静止画を動かすことを知らなかったのですが「できないはずはない」と探したら、あっさりできました。ただ、市販のスライドショーソフトよりは、個別に設定が必要なので、長いものになるとかなり面倒かもしれません。

 これまで、撮りためたビデオの使用方法に困っていましたが、この方法なら、練習がてら1年間のビデオや写真を作品として残すことができるので、時間のある方はお勧めです。なお、他人に見てもらうのは、5分が限界でしょうね。この5分という時間制限も、編集の勉強にはちょうど良い時間だと思います。


| Science Design | 01:35 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Zoteroに医中誌データをインポートすると文字化けする問題

下記記事で医中誌データは一旦ZoteroにインポートしてからMendeleyに取り込めば良いと記述した。

医中誌書誌データのMndeleyへのインポート

んが、初期設定では、日本語論文が文字化けすることが判明。
設定変更は

ツール>環境設定>各種設定>about:configを開く

で、裏メニュー(?)を開き、
extensions.zotero.import.charset のvalueを Shift-JIS に変更すれば大丈夫です。

| Article reserch | 17:10 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | JDream IIIのMendeleyへのインポート

ちゅーわけで、JDream IIIのMendeleyへの取り込み方法。



アドバンスドサーチで、目的とする検索を全て終わらせて、検索履歴を作っておく。そうすると、検索履歴の中に、履歴が残るので、ここで、Lナンバーを指定して、各結果の回答を表示する。

その場合、ウチの場合は、99件までしか一度に回答を表示できないので、
L#(番号) ALL 1-99 のように指定して、[回答表示]をクリック。

※ しかし、この仕様はなんとかならんのか?Scopusなんて、書誌データだけなら、一度に2万件まで一括でダウンロードできるのに。


で、ダウンロード条件を、Refer/BibIX形式(検索式なし)にして、ダウンロード。


データのインポート
収集タブ>レファレンスのインポートで

さきほど保存したJDreamIIIのファイルを選択し、
インポートオプションをJDream IIIにして任意のフォルダにインポートします。

エクスポート
エクスポートしたいフォルダを選択し、
スタイルをRefMan(RIS)Exportにしてエクスポート。

このファイルを、Mendeleyに取り込みます。


と、ここまでやってみて、Mendeleyまでデータを渡さないで、Endnote basicで管理した方が得かな?とも思いました。

ただし、文献リストの書き出しの時に、製品版では3000種類以上のフォーマットが入っていますが、basicには21種類しかはいっていないそうです。
 でも、所属の図書館に、Web of Knowledgeが入っていると、3000以上が使えるようです。

mendeley と EndNote basic ガチで勝負ですね。



 

| Article reserch | 15:00 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Endnote がいつのまにか無料になっていました

さて、久しぶりに大規模な文献検索、整理作業をやっております。文献管理ソフトは、Mendeley一択のワタクシですが、なぜMendeleyを選択し、学生にも勧めているかといえば、やはり、無料というところがポイントです。

 なので、これまで管理ソフトの老舗、EndNoteは一度も使ったことがないのですが、なんと、いろいろとネットを渉猟していて、今年(2013)の4月から、Web版のEndNote basicが無料で利用できるようになったそうです。

 Mendeleyが学術誌出版の大手であるElsevierに買収されたらしく、Mendleyの勢力が俄然増してきたので、Endnoteもうかうかしてられないと思ったのではないでしょうか。ちなみに、EndNoteは、Web of science (Knowledge)のトムソンロイター勢です。なんだか、Web of Knowledge と Scopus の代理戦争みたいな様相です。

ちなみに、CiNiiは、すでにMendeleyと提携しておりますので、日本語文献管理を考えると、やはり、Mendeley一択という選択はまだ変わりません。

 で、試しに利用登録して使ってみましたが…。

 Mendeleyの方が、まだ一日の長がありそうです。インターフェイスもしょぼいし。
 ただ、ありがたいのは、エクスポート機能もついているので、取り込めないフォーマットのデータ(JDreamIII)をEndnoteで変換してMendeleyに渡せないかを思案中です。

Mendeleyは、検索機能が少々弱いらしいので、検索機能が充実していれば、Endnoteもアリなんですけど。
今後に期待です。

| Article reserch | 14:04 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | 医中誌書誌データのMndeleyへのインポート

仕事で大量の書誌データを収集分析しております。
文献の二次利用も含めて、文献の管理はMendeleyでおこなうことにしたのですが、Scopus、CiNiiなどは、難なくインポートできてますが、医中誌は直接取り込むことができません。

 で、あーだこーだと調べた結果を備忘のために記しておきます。

 結論から言うと、
 医中誌>Zotero stand alone>Mendeley desktop という流れで取り込めるようです。

医中誌のエクスポートは、Refer/BibIX(改行)形式で。そのフォーマットをデスクトップアプリの方のZotero Standaloneにインポートし、ZoteroからMendeleyは、Mendeleyの連携機能で自動的に取り込まれるようです。

 

| Article reserch | 13:45 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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