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サイエンス・デザイナーDr.KINOKOYAのAcademic Tips

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Article reserch | 日本きのこ学会誌引用スタイル登録

ことあるごとにオススメしている文献管理ソフトのMendeley。
めっちゃ強力なツールなのですが、残念ながら、日本語の雑誌の引用文献スタイルが弱いです。
私が加盟する日本きのこ学会誌の引用スタイルも登録されていません。

と、いうことで・・・

突貫で作ってみました。β版ですので、ちゃんと確認していませんが、大体は合っています。

http://csl.mendeley.com/styles/1142391/mushroomscibiotechnol
こちらのURL IDをMendeleyのCitationStyleに入れてみてください。

View-Citation Style-More Styles...-Get More Styles
の下の方にあるボックスに、上のURLをコピー&ペーストしてDLしてみてください。

お役にたてることを願っています。
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| Article reserch | 23:56 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Mendeley Web同期の落とし穴

現在、仕事で膨大な量の書誌データを処理しています。複数のDB(データベース)から抽出された書誌データは、9604!
当然、DB間の重複があるわけで、これを削除しなければなりません。
で、Mendeleyには、重複書誌データを検出してくれる機能があり、重複率を算出してくれてわかりやすくデータの統合ができるようになっています。ただ、中には、同じタイトルながら、複数の雑誌や報告書に掲載されている例もあって、これらを誤って重複文献として抽出してきます。なので、結局は目視で統合作業をしなければなりません。

で、しこしこと、数日はかかったでしょうか、9604文献の中で重複6694文献を統合し4854文献で統合を終えました。約半数が重複文献だったということになります。

で、これらのデータは、項目毎にフォルダで管理されているのですが、ここからさらに不要な文献を区別していく作業をしかかっているところでした。
で、明日から東京出張なもんで、出先のノートPCで作業できるように、WEB連携でデータを統合しておこうと考えたわけです。というわけで、現場で使うノートPCのMendeley Desktopを立ち上げWEBからデータを貰ってきます。ところが、文献データは落ちてきたものの、肝心のフォルダ構造が落ちてきません。前回までノートPCで作業していたデータとのコンフリクトが起こったのかと思い、一旦、ノートPCのデータを真っ新に、つまり、データの削除をおこないました。


OH MY GOD !


勘のイイ人はもうお気づきでしょう。WEB連携をしているわけだから、当然ノートPCでおこなった削除作業は、ほどなくしてWEBのMendeleyにも反映され、当然の事ながら、自宅のデスクトップPCのMendeley desktopにも反映されます。

よくよく考えれば、スグわかるこのことに、疲れていると気づかないんだよなぁ。


ええ、しこしこと数日かかって作業したデータは、跡形もなく消えました(涙)。
ま、データベースにかかわっていると、こういうことは覚悟の上です。

そもそも、Bugなのか何なのか、デスクトップPCでおこなったフォルダ分けが、WEBに反映されていなかったことが原因のようです。ノートPCでWEB連携をする前に、デスクトップとWEBの連携が取れているかを確認する必要がありました。
マニュアルによると、作業終了後は自動的に連携が取られずに、次の立ち上げ時に連携が行われるので、「作業終了後は、必ずSyncボタンを押すこと」と書かれています。この作業を怠ったのが原因でしょうか?
ただ、1万近いデータを入れた段階で、データクラッシュの警告がたびたびでていたので、そちらのせいでフォルダが作成されなかった公算が高いですね。
こればっかりは、原因がわかりません。

いずれにせよ、もう一度最初から作業になりました。あーあ。
みなさまもくれぐれもご注意を。

| Article reserch | 23:37 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Zoteroに医中誌データをインポートすると文字化けする問題

下記記事で医中誌データは一旦ZoteroにインポートしてからMendeleyに取り込めば良いと記述した。

医中誌書誌データのMndeleyへのインポート

んが、初期設定では、日本語論文が文字化けすることが判明。
設定変更は

ツール>環境設定>各種設定>about:configを開く

で、裏メニュー(?)を開き、
extensions.zotero.import.charset のvalueを Shift-JIS に変更すれば大丈夫です。

| Article reserch | 17:10 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | JDream IIIのMendeleyへのインポート

ちゅーわけで、JDream IIIのMendeleyへの取り込み方法。



アドバンスドサーチで、目的とする検索を全て終わらせて、検索履歴を作っておく。そうすると、検索履歴の中に、履歴が残るので、ここで、Lナンバーを指定して、各結果の回答を表示する。

その場合、ウチの場合は、99件までしか一度に回答を表示できないので、
L#(番号) ALL 1-99 のように指定して、[回答表示]をクリック。

※ しかし、この仕様はなんとかならんのか?Scopusなんて、書誌データだけなら、一度に2万件まで一括でダウンロードできるのに。


で、ダウンロード条件を、Refer/BibIX形式(検索式なし)にして、ダウンロード。


データのインポート
収集タブ>レファレンスのインポートで

さきほど保存したJDreamIIIのファイルを選択し、
インポートオプションをJDream IIIにして任意のフォルダにインポートします。

エクスポート
エクスポートしたいフォルダを選択し、
スタイルをRefMan(RIS)Exportにしてエクスポート。

このファイルを、Mendeleyに取り込みます。


と、ここまでやってみて、Mendeleyまでデータを渡さないで、Endnote basicで管理した方が得かな?とも思いました。

ただし、文献リストの書き出しの時に、製品版では3000種類以上のフォーマットが入っていますが、basicには21種類しかはいっていないそうです。
 でも、所属の図書館に、Web of Knowledgeが入っていると、3000以上が使えるようです。

mendeley と EndNote basic ガチで勝負ですね。



 

| Article reserch | 15:00 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Endnote がいつのまにか無料になっていました

さて、久しぶりに大規模な文献検索、整理作業をやっております。文献管理ソフトは、Mendeley一択のワタクシですが、なぜMendeleyを選択し、学生にも勧めているかといえば、やはり、無料というところがポイントです。

 なので、これまで管理ソフトの老舗、EndNoteは一度も使ったことがないのですが、なんと、いろいろとネットを渉猟していて、今年(2013)の4月から、Web版のEndNote basicが無料で利用できるようになったそうです。

 Mendeleyが学術誌出版の大手であるElsevierに買収されたらしく、Mendleyの勢力が俄然増してきたので、Endnoteもうかうかしてられないと思ったのではないでしょうか。ちなみに、EndNoteは、Web of science (Knowledge)のトムソンロイター勢です。なんだか、Web of Knowledge と Scopus の代理戦争みたいな様相です。

ちなみに、CiNiiは、すでにMendeleyと提携しておりますので、日本語文献管理を考えると、やはり、Mendeley一択という選択はまだ変わりません。

 で、試しに利用登録して使ってみましたが…。

 Mendeleyの方が、まだ一日の長がありそうです。インターフェイスもしょぼいし。
 ただ、ありがたいのは、エクスポート機能もついているので、取り込めないフォーマットのデータ(JDreamIII)をEndnoteで変換してMendeleyに渡せないかを思案中です。

Mendeleyは、検索機能が少々弱いらしいので、検索機能が充実していれば、Endnoteもアリなんですけど。
今後に期待です。

| Article reserch | 14:04 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | 医中誌書誌データのMndeleyへのインポート

仕事で大量の書誌データを収集分析しております。
文献の二次利用も含めて、文献の管理はMendeleyでおこなうことにしたのですが、Scopus、CiNiiなどは、難なくインポートできてますが、医中誌は直接取り込むことができません。

 で、あーだこーだと調べた結果を備忘のために記しておきます。

 結論から言うと、
 医中誌>Zotero stand alone>Mendeley desktop という流れで取り込めるようです。

医中誌のエクスポートは、Refer/BibIX(改行)形式で。そのフォーマットをデスクトップアプリの方のZotero Standaloneにインポートし、ZoteroからMendeleyは、Mendeleyの連携機能で自動的に取り込まれるようです。

 

| Article reserch | 13:45 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | Ciniiの同一著者報告

ネットでの国内論文検索がほぼCinii一択になりつつある昨今ですが、例えば、自分の論文を著者名検索すると、いくつかのIDに分けられて出てきます。別に気にはなっていなかったのですが、例えば、業績一覧みたいなかんじで、1ページに収まってくれると便利かなぁ、とふと考えておりましたが、解決策を発見。

20131125_Cinii_吉本博明


同じ人物と思われる著者名の左のチェックボックスをチェックして、上の同一人物の報告の部分の[実行]を押せば、報告画面が出てきます。どのくらいで反映されるのかわかりませんが。

皆さんも自分の名前でやってみてください。
出てこない人は、論文書きましょうねw。

| Article reserch | 13:55 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch |  2009年度3年生文献検索セミナー

 我ながら大げさなタイトルだw。

 数年前からでしょうか?新しく入ってきた学生さんに文献検索の入り口の話をしています。本日、「する」「しない」だの二転三転する周りの情報に踊らされながらw、結局、3年生の授業が終わった6時過ぎから開始。

 昨年からだっけかなパソコン室でやり始めたのは。たしか一昨年までは、個別に研究室でおこなっていたのですが、パソコン室の方が一度にできて楽しいですね。

 一通りの説明を終えたところで、本年は「新機軸!」(って、これまた大袈裟だねw)、検索体験をその場の思いつきでやってもらいました。要するに、自分の卒業研究に関係する文献を試しに検索してみるということですが・・・。

 思いつきとは言え、そこで私が狙ったことは以下の2点です。

 1.単純な検索ワード(たとえば、自分の研究するきのこ名)で出てくる膨大な文献から、どうやって絞り込んでいくのかを体験する。

 2.同じ手順で複数のデータベースを検索し、データベースの違いを実感してもらう。

 ということです。

 成功したかどうかはわかりませんが(いや、きのこ名によっては、膨大に出ないし…)、その一端でも掴んでくれれば、後は実際の課題に直面した時に、それぞれの人が自分なりの習得をしていくものと思っています。

 今日のセミナーをまとめるとこういうことです。

 1.何はなくとも、まずJ-Dream、家ではタバコ(お菓子?)片手にGoogle Scholar、医中誌で学会発表も気にしつつ、やっぱり最後は、Pubmedで決まり!

 2.的を絞ろう“”(ちょんちょん)で!結果はなんとか一ケタに。

 3.いつかは読みたい、英語の論文(てか、最後は逃げられないよw)

 4. ちょっとまて!教科書と基本文献はちゃんと読んでおいてからね。(そうしないと、検索ワードさえ思いつかないよ)

 そういえば、検索している人で、「活性」という検索ワードを使っている人がいましたね。指摘し忘れたけど、活性はいただけませんねw。曖昧すぎます、あまりにも。まぁ、きのこの場合、最初にきのこの名前を入れた段階で、すでに文献量が少ないからあまり問題になりませんが、何の活性なのか?とターゲットを絞った方がいいです。

 例えば、高血圧とか、脂質代謝とかね。

 実は、これでも大きすぎます。さらに、小さく、ACE阻害(活性)とかね。HMG-CoA阻害(活性)とかね。これらの検索ワードを思いつくには、生化学とか薬理学の教科書を読んで、それぞれの疾患の分子レベルでの発症機序を知っていないと思いつきません。

 そういうわけで、「ちょっとまて!教科書と基本文献はちゃんと読んでおいてからね。」なわけです。

 閑話休題。そういえば、最近、私が読んでいる本、ご紹介しておきましょう。

分子レベルで見た薬の働き 第2版 (ブルーバックス)

分子レベルで見た薬の働き 第2版 (ブルーバックス)

ブルーバックスは、高校生でもわかる書き方で難しい科学の世界を説明した本が多いので、本屋に行ったときに棚を眺めることをお勧めします。いや、眺めるだけではなくて、気になった本は買って読みましょうね。

 ご承知のように(ご存じないか?w)、私は高校は私立文系コース(要するに落ちこぼれw、)で理科は、地学と生物しか授業で習っていません。大学は、文学部と、これまた薬学も、栄養学も、生化学とも無縁な大学生活でした。

 ええ、生まれてこの方45年、化学を習ったことがなぁ~い!ベンゼン環?それは食べられるの?ぐらいの知識です。そんな私には、こんな本でも十分なのです。いや、読んでみればわかりますが、結構深いですよ。恐らく、3年生の知識では(いや、院生も一度手にとってみなはれ)知らないことのオンパレードでしょう。

 あー、また横道に逸れた。文献検索です。てなわけで(どういうわけだ?)、みなさん文献検索頑張ってください。文献検索は、あくまでも卒業論文を書くために必要な知識を得るツールですので、決して文献検索だけで、満足しないように。てか、そこに時間を取られすぎないように、くれぐれもご注意ください。

 本日は、おまけとして、引用文献の書式(形式)の話(バンクーバースタイル、木材学会誌の形式、食糧誌の形式)などをさらっとやりまして(説明不足が多かった)、アトラクションとして、「第1回!チキチキ、タイピング選手権」などで和みつつ、あっという間に2時間が終了しました。

 3年生のみなさん、お疲れ様でした。

 ホントは、文献検索、管理の話は意外と奥が深くて、1年通しの授業も可能なぐらいネタがあるのですが、何か質問があれば、ブログ、あるいは、メッセで遠慮なくお尋ねください。

 なお、私のこのブログの右のサイドバーにあるカテゴリーの、文献検索をぽちっと押すと、過去に文献検索のカテゴリーで書いたブログが読めますので、こちらも合わせてお楽しみください。

 ではでは。

 

| Article reserch | 01:10 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch |  雑誌がどこの大学の図書館にあるか調べる

さて、雑誌の正式名称がわかりました。次は、求める雑誌がどこの図書館にあるのかを調べたいですね。

ここです。

NACSIS WEBCAT

http://webcat.nii.ac.jp/

雑誌名を入力して検索します

f:id:kinokoya:20080110153444j:image:w450

3件該当しました

f:id:kinokoya:20080110153719j:image:w450

1番目のリンクをクリックすると

所蔵する図書館の一覧が出てきます。

群馬大学の医学部分館にあることがわかります。

f:id:kinokoya:20080110154020j:image:w450

| Article reserch | 03:40 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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Article reserch | 雑誌の略号から雑誌名を探す

 文献検索をしていると、引用文献に略号が出てきます。な~んとなく雑誌名はわかるものの、親しんでいる雑誌でない場合、正式な名称がわかりません。また、正式名称を知らないと、検索するときに文献にたどり着けなかったりします。

 では、どうすれば、雑誌名の略号から整式名称を知ることができるのでしょうか?

 結論:Pubmedで調べる(笑)

    PubMedのページは、イントラブログのトップページから行ってください。

Journalsのチェックをして

f:id:kinokoya:20080110152823j:image:w450

雑誌の略号を入れて検索

f:id:kinokoya:20080110152926j:image:w450

出てきました

f:id:kinokoya:20080110153010j:image:w450

| Article reserch | 03:19 | comments:0 | trackbacks:0 | TOP↑

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